COVIDTARGET – Repurposing of drugs for prevention and treatment of Covid-19

Link to this page

http://cherry.chem.bg.ac.rs/APP/faces/project.xhtml?project_id=info%3Aeu-repo%2FgrantAgreement%2FScienceFundRS%2FFond_2020_COVID19%2F7551100%2FRS%2F%2F&item_offset=0&author_offset=0&sort_by=dc.date.issued

info:eu-repo/grantAgreement/ScienceFundRS/Fond_2020_COVID19/7551100/RS//

COVIDTARGET – Repurposing of drugs for prevention and treatment of Covid-19 (en)
Authors

Publications

Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova

Protić, Sara

(2023) 

TY  - THES
AU  - Protić, Sara
PY  - 2023
UR  - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/5871
AB  - Pandemija izazvana virusom SARS-CoV-2 se pojavila krajem decembra 2019. godine u Vuhanu
u Kini, kada su prvi put zapažena teška respiratorna oboljenja. Od tada se virus brzo proširio u
Kini, ali i u drugim državama i izazvao veliku globalnu zabrinutost. U Srbiji je polovinom marta
2020. nakon registrovanja prvih slučajeva obolelih i proglašenja pandemije od strane Svetske
zdravstvene organizacije uvedeno vanredno stanje. Novi virus SARS-CoV-2 je dobio ime zbog
svoje strukturne sličnosti sa korona virusima koji izazivaju teške respiratorne simptome.
T1  - Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova
SP  - 2
EP  - 35
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5871
ER  - 
@misc{
author = "Protić, Sara",
year = "2023",
abstract = "Pandemija izazvana virusom SARS-CoV-2 se pojavila krajem decembra 2019. godine u Vuhanu
u Kini, kada su prvi put zapažena teška respiratorna oboljenja. Od tada se virus brzo proširio u
Kini, ali i u drugim državama i izazvao veliku globalnu zabrinutost. U Srbiji je polovinom marta
2020. nakon registrovanja prvih slučajeva obolelih i proglašenja pandemije od strane Svetske
zdravstvene organizacije uvedeno vanredno stanje. Novi virus SARS-CoV-2 je dobio ime zbog
svoje strukturne sličnosti sa korona virusima koji izazivaju teške respiratorne simptome.",
title = "Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova",
pages = "2-35",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5871"
}
Protić, S.. (2023). Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova. , 2-35.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5871
Protić S. Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova. 2023;:2-35.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5871 .
Protić, Sara, "Kloniranje proteaze slične papainu PL pro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova" (2023):2-35,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5871 .

In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D

Glišić, Sanja; Prodanović, Radivoje; Paessler, Slobodan; Perović, Vladimir; Milićević, Jelena; Prodanović, Olivera; Senčanski, Milan ; Kaličanin, Nevena; Protić, Sara

(MDPI, 2023) 

TY  - JOUR
AU  - Glišić, Sanja
AU  - Prodanović, Radivoje
AU  - Paessler, Slobodan
AU  - Perović, Vladimir
AU  - Milićević, Jelena
AU  - Prodanović, Olivera
AU  - Senčanski, Milan 
AU  - Kaličanin, Nevena
AU  - Protić, Sara
PY  - 2023
UR  - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/5884
AB  - Finding an effective drug to prevent or treat COVID-19 is of utmost importance in tcurrent pandemic. Since developing a new treatment takes a significant amount of time, drug repurposing can be an effective option for achieving a rapid response. This study used a combined in silico virtual screening protocol for candidate SARS-CoV-2 PLpro inhibitors. The Drugbank database was searched first, using the Informational Spectrum Method for Small Molecules, followed by molecular docking. Gramicidin D was selected as a peptide drug, showing the best in silico interaction profile with PLpro. After the expression and purification of PLpro, gramicidin D was screened for protease inhibition in vitro and was found to be active against PLpro. The current study’s findings are significant because it is critical to identify COVID-19 therapies that are efficient, affordable, and have a favorable safety profile.
PB  - MDPI
T2  - Int. J. Mol. Sci.
T1  - In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D
VL  - 24
IS  - 3
SP  - 1955
DO  - 10.3390/ijms24031955
ER  - 
@article{
author = "Glišić, Sanja and Prodanović, Radivoje and Paessler, Slobodan and Perović, Vladimir and Milićević, Jelena and Prodanović, Olivera and Senčanski, Milan  and Kaličanin, Nevena and Protić, Sara",
year = "2023",
abstract = "Finding an effective drug to prevent or treat COVID-19 is of utmost importance in tcurrent pandemic. Since developing a new treatment takes a significant amount of time, drug repurposing can be an effective option for achieving a rapid response. This study used a combined in silico virtual screening protocol for candidate SARS-CoV-2 PLpro inhibitors. The Drugbank database was searched first, using the Informational Spectrum Method for Small Molecules, followed by molecular docking. Gramicidin D was selected as a peptide drug, showing the best in silico interaction profile with PLpro. After the expression and purification of PLpro, gramicidin D was screened for protease inhibition in vitro and was found to be active against PLpro. The current study’s findings are significant because it is critical to identify COVID-19 therapies that are efficient, affordable, and have a favorable safety profile.",
publisher = "MDPI",
journal = "Int. J. Mol. Sci.",
title = "In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D",
volume = "24",
number = "3",
pages = "1955",
doi = "10.3390/ijms24031955"
}
Glišić, S., Prodanović, R., Paessler, S., Perović, V., Milićević, J., Prodanović, O., Senčanski, M., Kaličanin, N.,& Protić, S.. (2023). In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D. in Int. J. Mol. Sci.
MDPI., 24(3), 1955.
https://doi.org/10.3390/ijms24031955
Glišić S, Prodanović R, Paessler S, Perović V, Milićević J, Prodanović O, Senčanski M, Kaličanin N, Protić S. In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D. in Int. J. Mol. Sci.. 2023;24(3):1955.
doi:10.3390/ijms24031955 .
Glišić, Sanja, Prodanović, Radivoje, Paessler, Slobodan, Perović, Vladimir, Milićević, Jelena, Prodanović, Olivera, Senčanski, Milan , Kaličanin, Nevena, Protić, Sara, "In Silico and In Vitro Inhibition of SARS-CoV-2 PLpro with Gramicidin D" in Int. J. Mol. Sci., 24, no. 3 (2023):1955,
https://doi.org/10.3390/ijms24031955 . .
2
1
1

Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach

Senćanski, Milan; Perović, Vladimir; Milićević, Jelena; Todorović, Tamara; Prodanović, Radivoje; Veljković, Veljko; Paessler, Slobodan; Glišić, Sanja

(Wiley-VCH, 2022) 

TY  - JOUR
AU  - Senćanski, Milan
AU  - Perović, Vladimir
AU  - Milićević, Jelena
AU  - Todorović, Tamara
AU  - Prodanović, Radivoje
AU  - Veljković, Veljko
AU  - Paessler, Slobodan
AU  - Glišić, Sanja
PY  - 2022
UR  - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/5041
AB  - In the currentpandemic,findingan effectivedrugto preventortreatthe infectionis the highestpriority.A rapidand safeapproachto counteractCOVID-19is in silicodrugrepurposing.The SARS-CoV-2PLpropromotesviral replicationand modu-latesthe hostimmunesystem,resultingin inhibitionof thehostantiviralinnateimmuneresponse,and thereforeis anattractivedrugtarget.In this study,we useda combinedinsilicovirtualscreeningfor candidatesfor SARS-CoV-2PLproproteaseinhibitors.We usedthe Informationalspectrummethodappliedfor SmallMoleculesfor searchingthe Drugbankdatabasefollowedby moleculardocking.Afterin silicoscreen-ing of drugspace,we identified44 drugsas potentialSARS-CoV-2PLproinhibitorsthat we proposefor furtherexperimentaltesting.
PB  - Wiley-VCH
T2  - ChemistryOpen
T1  - Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach
VL  - 11
IS  - 2
SP  - e202100248
DO  - 10.1002/open.202100248
ER  - 
@article{
author = "Senćanski, Milan and Perović, Vladimir and Milićević, Jelena and Todorović, Tamara and Prodanović, Radivoje and Veljković, Veljko and Paessler, Slobodan and Glišić, Sanja",
year = "2022",
abstract = "In the currentpandemic,findingan effectivedrugto preventortreatthe infectionis the highestpriority.A rapidand safeapproachto counteractCOVID-19is in silicodrugrepurposing.The SARS-CoV-2PLpropromotesviral replicationand modu-latesthe hostimmunesystem,resultingin inhibitionof thehostantiviralinnateimmuneresponse,and thereforeis anattractivedrugtarget.In this study,we useda combinedinsilicovirtualscreeningfor candidatesfor SARS-CoV-2PLproproteaseinhibitors.We usedthe Informationalspectrummethodappliedfor SmallMoleculesfor searchingthe Drugbankdatabasefollowedby moleculardocking.Afterin silicoscreen-ing of drugspace,we identified44 drugsas potentialSARS-CoV-2PLproinhibitorsthat we proposefor furtherexperimentaltesting.",
publisher = "Wiley-VCH",
journal = "ChemistryOpen",
title = "Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach",
volume = "11",
number = "2",
pages = "e202100248",
doi = "10.1002/open.202100248"
}
Senćanski, M., Perović, V., Milićević, J., Todorović, T., Prodanović, R., Veljković, V., Paessler, S.,& Glišić, S.. (2022). Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach. in ChemistryOpen
Wiley-VCH., 11(2), e202100248.
https://doi.org/10.1002/open.202100248
Senćanski M, Perović V, Milićević J, Todorović T, Prodanović R, Veljković V, Paessler S, Glišić S. Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach. in ChemistryOpen. 2022;11(2):e202100248.
doi:10.1002/open.202100248 .
Senćanski, Milan, Perović, Vladimir, Milićević, Jelena, Todorović, Tamara, Prodanović, Radivoje, Veljković, Veljko, Paessler, Slobodan, Glišić, Sanja, "Identification of SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) Inhibitors Using Combined Computational Approach" in ChemistryOpen, 11, no. 2 (2022):e202100248,
https://doi.org/10.1002/open.202100248 . .
1
9
8
6

Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom

Đukić, Ivana

(2022) 

TY  - THES
AU  - Đukić, Ivana
PY  - 2022
UR  - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/5447
AB  - Kineske zdravstvene vlasti su 31. decembra 2019. godine upozorile Svetsku zdravstvenu organizaciju (WHO) na nekoliko slučajeva upale pluća bez poznate etiologije, u gradu Vuhan, Kina. Prvi slučajevi su prijavljeni 8. decembra 2019.godine, a 11. marta 2020. godine Covid-19 je stekao status pandemije. Ovaj patogen je označen kao teški akutni respiratorni sindrom koronavirus 2 (SARS-CoV-2). Covid-19 je pogodio 217 zemalja i teritorija širom sveta sa više od 9,1 miliona potvrđenih slučajeva i oko 470 hiljada potvrđenih smrtnih ishoda. Ozbiljan efekat širenja ovog virusa je nametnuo velike izazove za globalno zdravlje, društvo i ekonomiju. U današnje vreme lečenje i kontrola Covida-19 su veoma teški jer ne postoje specifični antivirusni lekovi ili vakcine. Prevencija i terapije se primenjuju kako bi se izbegli novi slučajevi i minimizovale kliničke komplikacije.
T1  - Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom
SP  - 2
EP  - 34
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5447
ER  - 
@mastersthesis{
author = "Đukić, Ivana",
year = "2022",
abstract = "Kineske zdravstvene vlasti su 31. decembra 2019. godine upozorile Svetsku zdravstvenu organizaciju (WHO) na nekoliko slučajeva upale pluća bez poznate etiologije, u gradu Vuhan, Kina. Prvi slučajevi su prijavljeni 8. decembra 2019.godine, a 11. marta 2020. godine Covid-19 je stekao status pandemije. Ovaj patogen je označen kao teški akutni respiratorni sindrom koronavirus 2 (SARS-CoV-2). Covid-19 je pogodio 217 zemalja i teritorija širom sveta sa više od 9,1 miliona potvrđenih slučajeva i oko 470 hiljada potvrđenih smrtnih ishoda. Ozbiljan efekat širenja ovog virusa je nametnuo velike izazove za globalno zdravlje, društvo i ekonomiju. U današnje vreme lečenje i kontrola Covida-19 su veoma teški jer ne postoje specifični antivirusni lekovi ili vakcine. Prevencija i terapije se primenjuju kako bi se izbegli novi slučajevi i minimizovale kliničke komplikacije.",
title = "Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom",
pages = "2-34",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5447"
}
Đukić, I.. (2022). Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom. , 2-34.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5447
Đukić I. Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom. 2022;:2-34.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5447 .
Đukić, Ivana, "Pretraga potencijalnih lekova kao inhibitora Mpro SARS-CoV-2 proteaze fluorescentnim enzimskim esejom" (2022):2-34,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5447 .

Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H

Antić, Pavle

(2022) 

TY  - THES
AU  - Antić, Pavle
PY  - 2022
UR  - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/5562
AB  - N-terminalni domen Spike transmembranskog glikoproteina je odgovoran za vezivanje
polisaharida i time maskiranje SARS-CoV-2 virusa prilikom ulaska u organizam domaćina. Stoga, njegovo umnožavanje transformacijom i ekspresijom u kvascu P. pastoris nam može omogućiti dobijanje velike količine ovog proteina radi daljeg proučavanja delovanja različitih lekova na njega ili njegove interakcije sa ugljenim hidratima.
T1  - Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H
SP  - 1
EP  - 29
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5562
ER  - 
@misc{
author = "Antić, Pavle",
year = "2022",
abstract = "N-terminalni domen Spike transmembranskog glikoproteina je odgovoran za vezivanje
polisaharida i time maskiranje SARS-CoV-2 virusa prilikom ulaska u organizam domaćina. Stoga, njegovo umnožavanje transformacijom i ekspresijom u kvascu P. pastoris nam može omogućiti dobijanje velike količine ovog proteina radi daljeg proučavanja delovanja različitih lekova na njega ili njegove interakcije sa ugljenim hidratima.",
title = "Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H",
pages = "1-29",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5562"
}
Antić, P.. (2022). Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H. , 1-29.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5562
Antić P. Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H. 2022;:1-29.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5562 .
Antić, Pavle, "Ekspresija N-terminalnog domena Spike proteina SARS-CoV-2 virusa u kvascu Pichia pastoris KM71H" (2022):1-29,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_5562 .

Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova

Đukić, Ivana

(2021) 

TY  - THES
AU  - Đukić, Ivana
PY  - 2021
UR  - https://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/4690
AB  - SARS-CoV-2 virus predstavlja globalnu pretnju po javno zdravlje. Postojeće mogućnosti prevencije i lečenja SARS-CoV-2 infekcije su nedovoljne zbog nedostatka efikasne terapije lekovima. Pošto razvoj novog leka predstavlja vrlo dug proces i zahteva velika finansijska ulaganja, prenamena odobrenih farmaceutskih lekova i kandidata za lekove predstavlja alternativni pristup koji omogućava identifikaciju potencijalnih lekova za u cilju brzog odgovora na pandemiju. Glavna proteaza Mpro SARS-CoV-2 ima ključnu ulogu u replikaciji virusa. Zbog važne uloge u životnom ciklusu virusa, proteaza Mpro virusa SARS-CoV-2 predstavlja atraktivnu terapeutsku metu. Metodom informacionih spektara i potom molekulskim dokingom su i ranije predloženi potencijalni inhibitori SARS-CoV-2 glavne proteaze.
Cilj ovog rada je izolovanje i prečišćavanje, a zatim ispitivanje aktivnosti proteaze Mpro SARS-CoV-2 u prisustvu različitih inhibitora.
Plazmid koji sadrži gen za Mpro proteazu je uspešno izolovan i linearizovan. Mpro proteaza je uspešno eksprimirana u citosolu E. coli STAR ćelija. Merenjem enzimske aktivnosti utvrđena je inhibitorna aktivnost Vit C na Mpro. Takođe je utvrđeno da L-lizin i L-arginin imaju inhibitorno dejstvo na Mpro, ali nije postignuta IC50. Na ovaj način je potvrđena predložena inhibitorna aktivnost jedinjenja selektovanih in silico kao i razvijena metoda za merenje inhibitorne aktivnosti malih molekula na GST-Mpro proteazu virusa SARS-CoV-2.
T1  - Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova
SP  - 2
EP  - 38
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4690
ER  - 
@misc{
author = "Đukić, Ivana",
year = "2021",
abstract = "SARS-CoV-2 virus predstavlja globalnu pretnju po javno zdravlje. Postojeće mogućnosti prevencije i lečenja SARS-CoV-2 infekcije su nedovoljne zbog nedostatka efikasne terapije lekovima. Pošto razvoj novog leka predstavlja vrlo dug proces i zahteva velika finansijska ulaganja, prenamena odobrenih farmaceutskih lekova i kandidata za lekove predstavlja alternativni pristup koji omogućava identifikaciju potencijalnih lekova za u cilju brzog odgovora na pandemiju. Glavna proteaza Mpro SARS-CoV-2 ima ključnu ulogu u replikaciji virusa. Zbog važne uloge u životnom ciklusu virusa, proteaza Mpro virusa SARS-CoV-2 predstavlja atraktivnu terapeutsku metu. Metodom informacionih spektara i potom molekulskim dokingom su i ranije predloženi potencijalni inhibitori SARS-CoV-2 glavne proteaze.
Cilj ovog rada je izolovanje i prečišćavanje, a zatim ispitivanje aktivnosti proteaze Mpro SARS-CoV-2 u prisustvu različitih inhibitora.
Plazmid koji sadrži gen za Mpro proteazu je uspešno izolovan i linearizovan. Mpro proteaza je uspešno eksprimirana u citosolu E. coli STAR ćelija. Merenjem enzimske aktivnosti utvrđena je inhibitorna aktivnost Vit C na Mpro. Takođe je utvrđeno da L-lizin i L-arginin imaju inhibitorno dejstvo na Mpro, ali nije postignuta IC50. Na ovaj način je potvrđena predložena inhibitorna aktivnost jedinjenja selektovanih in silico kao i razvijena metoda za merenje inhibitorne aktivnosti malih molekula na GST-Mpro proteazu virusa SARS-CoV-2.",
title = "Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova",
pages = "2-38",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4690"
}
Đukić, I.. (2021). Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova. , 2-38.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4690
Đukić I. Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova. 2021;:2-38.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4690 .
Đukić, Ivana, "Kloniranje glavne proteaze Mpro SARS-CoV-2 u E.coli, heterologna ekspresija, prečišćavanje i razvoj inhibitornog enzimskog eseja za pretragu potencijalnih lekova" (2021):2-38,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4690 .