Izolovanje, aktivnost i bioinformatička analiza ficina 1c

Abstract

U okviru ovog završnog rada predstavljeno je izolovanje i karakterizacija bazne izoforme ficina, proteaze pronaĎene u lateksu koji je sakupljen krajem juna iz ploda drveta smokve (Ficus carica) koja raste u Baru, u Crnoj Gori. Izolovanje je izvedeno primenom jonoizmenjivačke hromatografije, a čistoća dobijene frakcije je proverena reverzno-faznom hromatografijom i SDS-PAGE elektroforezom. U saradnji sa profesorom J. Lahom1 tripsinskim mapiranjem je na osnovu transkriptomske sekvence utvrđeno da je izolovana izofoma ficin 1c. Primenom infracrvene spektroskopije sa Furijeovom transformacijom (FTIR) određen je sadržaj sekundarnih struktura u ovoj izoformi. Modelovanje 3D strukture ficina 1c izvedeno je primenom Phyre2 servera, a slaganje sekvenci sa ostalim izoformama ficina izvedeno je uz pomoć MAFFT programa. Na osnovu dobijenih rezultata modelovanja 3D strukture i sličnosti sekundarnih struktura, zaključeno je da je obrazac uvijanja ficina 1c gotovo identičan uvijanju drugih izoformi ficina izolovanih iz različitih sorti smokve, kao i drugih biljnih cistein proteaza, kao što je papain. U prilog ovom zaključku govore i rezultati upoređivanja sekvenci, koji pokazuju evolutivnu konzerviranost cisteinskih ostataka, koji zbog katalitičke aktivnosti i izgradnje disulfidnih mostova imaju presudan uticaj na trodimenzionalnu strukturu proteina.