Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa
Samo za registrovane korisnike
2021
Master/Magistarski rad (Objavljena verzija)
,
Univerzitet u Beogradu - Hemijski fakultet
Metapodaci
Prikaz svih podataka o dokumentuApstrakt
U ovom radu ispitivane su interakciji sintetičkih liganada sa jedim od proteinskih receptora za odgovorim za kvorum sensing (quorum sensing) RhIR, u cilju određivanja potencijalnih interakcija sa aminokiselinama koje su zaslužne za inhibiciju aktivnosti receptora. Strukture su generisane u ChemDraw-a. Pomoću AutoDockTools-a sačuvane su strukture liganada u odgovarajućem formatu. Protein RhiR je pripremljen u AutoDockTools-u dok je doking odrađen u AutoDock Vina . Konformacije su odabrane korišćenjem softvera USCF Chimera, sheme interakcija su generisane pomoću Discovery Studio 2021 Client-a. Potencijalne inhibicione aminokiseline su TYR-72, TRP-96, ASP-81 koje u zavisnosti od tipa intreakcije različito doprinose udelu inhibicije. GLY-78 je takođe jedna od potencijalnih aminokislina koja doprinosi inhibiciji.
Ključne reči:
Pseudomonas aeruginosa / bakterija / kvorum sensing / RhIR / inhibicija / doking / energija vezivanjaIzvor:
2021, 1-38Kolekcije
Institucija/grupa
Hemijski fakultet / Faculty of ChemistryTY - THES AU - Bracanović, Ivan PY - 2021 UR - https://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/4669 AB - U ovom radu ispitivane su interakciji sintetičkih liganada sa jedim od proteinskih receptora za odgovorim za kvorum sensing (quorum sensing) RhIR, u cilju određivanja potencijalnih interakcija sa aminokiselinama koje su zaslužne za inhibiciju aktivnosti receptora. Strukture su generisane u ChemDraw-a. Pomoću AutoDockTools-a sačuvane su strukture liganada u odgovarajućem formatu. Protein RhiR je pripremljen u AutoDockTools-u dok je doking odrađen u AutoDock Vina . Konformacije su odabrane korišćenjem softvera USCF Chimera, sheme interakcija su generisane pomoću Discovery Studio 2021 Client-a. Potencijalne inhibicione aminokiseline su TYR-72, TRP-96, ASP-81 koje u zavisnosti od tipa intreakcije različito doprinose udelu inhibicije. GLY-78 je takođe jedna od potencijalnih aminokislina koja doprinosi inhibiciji. T1 - Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa SP - 1 EP - 38 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4669 ER -
@mastersthesis{ author = "Bracanović, Ivan", year = "2021", abstract = "U ovom radu ispitivane su interakciji sintetičkih liganada sa jedim od proteinskih receptora za odgovorim za kvorum sensing (quorum sensing) RhIR, u cilju određivanja potencijalnih interakcija sa aminokiselinama koje su zaslužne za inhibiciju aktivnosti receptora. Strukture su generisane u ChemDraw-a. Pomoću AutoDockTools-a sačuvane su strukture liganada u odgovarajućem formatu. Protein RhiR je pripremljen u AutoDockTools-u dok je doking odrađen u AutoDock Vina . Konformacije su odabrane korišćenjem softvera USCF Chimera, sheme interakcija su generisane pomoću Discovery Studio 2021 Client-a. Potencijalne inhibicione aminokiseline su TYR-72, TRP-96, ASP-81 koje u zavisnosti od tipa intreakcije različito doprinose udelu inhibicije. GLY-78 je takođe jedna od potencijalnih aminokislina koja doprinosi inhibiciji.", title = "Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa", pages = "1-38", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4669" }
Bracanović, I.. (2021). Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa. , 1-38. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4669
Bracanović I. Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa. 2021;:1-38. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4669 .
Bracanović, Ivan, "Modelovanje interakcija malih molekula sa RhIR receptorom Pseudomonas aeruginosa" (2021):1-38, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_4669 .