Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET
Само за регистроване кориснике
2023
Дипломски рад (Објављена верзија)
,
Univerzitet u Beogradu - Hemijski fakultet
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Poli(etilen tereftalat) (PET) je plastični materijal sa jako poželjnim fizičko-hemijskim osobinama, čime je našao primjenu u industriji, medicini, istraživanjima, kao i svakodnevnom životu. Zbog velike godišnje proizvodnje PET-a i nepravilnog odlaganja, došlo je do njegove akumulacije u životnoj sredini, gde se posredstvom abiotičkih faktora konvertuje u mikroplastike, koje putem lanca ishrane dospjevaju u ljudsku ishranu i mogu potencijalno imati negativan uticaj na ljudsko zdravlje.
PET hidrolaze su enzimi koji katalizuju reakciju hidrolize PET-a i predstavljaju potencijalno rešenje za problem akumuliranog PET-a u životnoj sredini. Međutim, prirodne PET hidrolaze su najčešće katalitički jako neefikasne, temperaturno nestabilne i imaju problem inhibicije proizvodom. S toga je neophodno ove enzime mutirati i provjeriti uticaj mutacija na navedene parametre. PETaza iz bakterije Ideonella sakaiensis (IsPETaze) je jedna od PET hidrolaza sa najboljim kinetičkim parametrima, koja svoju rea...kciju katalizuje i na sobnoj temperaturi. S toga, ona je upravo u fokusu ovog rada. Pošto su metode za pretraživanje mutanata PET hidrolaza generalno spore, poželjno je smanjiti broj potencijalnih mutanata koje treba pretražiti što je više moguće. U ovom radu je napravljena tabela sa velikim brojem opisanih mutanata IsPETaze sa osnovnim pregledom njihovog uticaja na katalitičke i druge osobine enzima. Tabela je formatirana na takav način da se može direktno upotrebiti za mašinsko učenje. Za ove mutante su određeni i prosečan indeks hidropatije (GRAVY), teorijska pI i molekulska masa. Pored toga, sekvencije enzima iz baze podataka PAZy (pazy.eu/doku.php) su takođe analizirane na isti način. Rastvorljivost i upotrebljivost enzima je određena upotrebom programa NetSolP (services.healthtech.dtu.dk/services/NetSolP-1.0/). Dobijeni parametri su analizirani i upoređeni.
Кључне речи:
bioinformatička analiza / sekvencija enzima / PETИзвор:
2023, 2-39Колекције
Институција/група
Hemijski fakultet / Faculty of ChemistryTY - THES AU - Škiljević, Romana PY - 2023 UR - http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/6102 AB - Poli(etilen tereftalat) (PET) je plastični materijal sa jako poželjnim fizičko-hemijskim osobinama, čime je našao primjenu u industriji, medicini, istraživanjima, kao i svakodnevnom životu. Zbog velike godišnje proizvodnje PET-a i nepravilnog odlaganja, došlo je do njegove akumulacije u životnoj sredini, gde se posredstvom abiotičkih faktora konvertuje u mikroplastike, koje putem lanca ishrane dospjevaju u ljudsku ishranu i mogu potencijalno imati negativan uticaj na ljudsko zdravlje. PET hidrolaze su enzimi koji katalizuju reakciju hidrolize PET-a i predstavljaju potencijalno rešenje za problem akumuliranog PET-a u životnoj sredini. Međutim, prirodne PET hidrolaze su najčešće katalitički jako neefikasne, temperaturno nestabilne i imaju problem inhibicije proizvodom. S toga je neophodno ove enzime mutirati i provjeriti uticaj mutacija na navedene parametre. PETaza iz bakterije Ideonella sakaiensis (IsPETaze) je jedna od PET hidrolaza sa najboljim kinetičkim parametrima, koja svoju reakciju katalizuje i na sobnoj temperaturi. S toga, ona je upravo u fokusu ovog rada. Pošto su metode za pretraživanje mutanata PET hidrolaza generalno spore, poželjno je smanjiti broj potencijalnih mutanata koje treba pretražiti što je više moguće. U ovom radu je napravljena tabela sa velikim brojem opisanih mutanata IsPETaze sa osnovnim pregledom njihovog uticaja na katalitičke i druge osobine enzima. Tabela je formatirana na takav način da se može direktno upotrebiti za mašinsko učenje. Za ove mutante su određeni i prosečan indeks hidropatije (GRAVY), teorijska pI i molekulska masa. Pored toga, sekvencije enzima iz baze podataka PAZy (pazy.eu/doku.php) su takođe analizirane na isti način. Rastvorljivost i upotrebljivost enzima je određena upotrebom programa NetSolP (services.healthtech.dtu.dk/services/NetSolP-1.0/). Dobijeni parametri su analizirani i upoređeni. T1 - Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET SP - 2 EP - 39 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_6102 ER -
@misc{ author = "Škiljević, Romana", year = "2023", abstract = "Poli(etilen tereftalat) (PET) je plastični materijal sa jako poželjnim fizičko-hemijskim osobinama, čime je našao primjenu u industriji, medicini, istraživanjima, kao i svakodnevnom životu. Zbog velike godišnje proizvodnje PET-a i nepravilnog odlaganja, došlo je do njegove akumulacije u životnoj sredini, gde se posredstvom abiotičkih faktora konvertuje u mikroplastike, koje putem lanca ishrane dospjevaju u ljudsku ishranu i mogu potencijalno imati negativan uticaj na ljudsko zdravlje. PET hidrolaze su enzimi koji katalizuju reakciju hidrolize PET-a i predstavljaju potencijalno rešenje za problem akumuliranog PET-a u životnoj sredini. Međutim, prirodne PET hidrolaze su najčešće katalitički jako neefikasne, temperaturno nestabilne i imaju problem inhibicije proizvodom. S toga je neophodno ove enzime mutirati i provjeriti uticaj mutacija na navedene parametre. PETaza iz bakterije Ideonella sakaiensis (IsPETaze) je jedna od PET hidrolaza sa najboljim kinetičkim parametrima, koja svoju reakciju katalizuje i na sobnoj temperaturi. S toga, ona je upravo u fokusu ovog rada. Pošto su metode za pretraživanje mutanata PET hidrolaza generalno spore, poželjno je smanjiti broj potencijalnih mutanata koje treba pretražiti što je više moguće. U ovom radu je napravljena tabela sa velikim brojem opisanih mutanata IsPETaze sa osnovnim pregledom njihovog uticaja na katalitičke i druge osobine enzima. Tabela je formatirana na takav način da se može direktno upotrebiti za mašinsko učenje. Za ove mutante su određeni i prosečan indeks hidropatije (GRAVY), teorijska pI i molekulska masa. Pored toga, sekvencije enzima iz baze podataka PAZy (pazy.eu/doku.php) su takođe analizirane na isti način. Rastvorljivost i upotrebljivost enzima je određena upotrebom programa NetSolP (services.healthtech.dtu.dk/services/NetSolP-1.0/). Dobijeni parametri su analizirani i upoređeni.", title = "Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET", pages = "2-39", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_6102" }
Škiljević, R.. (2023). Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET. , 2-39. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_6102
Škiljević R. Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET. 2023;:2-39. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_6102 .
Škiljević, Romana, "Bioinformatička analiza sekvencija enzima koji hidrolizuju PET" (2023):2-39, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_cherry_6102 .